De acordo com o IBGE (Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística), o início da ocupação não indígena aconteceu através da construção da rodovia AR-1, que liga a cidade de Vilhena, no Estado de Rondônia, à de Aripuanã, de difícil acesso na década de 1970, sendo conhecida por “Terra Esquecida”.

 Neste período a região passou a ser ocupada por agricultores e pecuaristas que buscavam novas oportunidades de trabalho e de produção. O Projeto Juína, que previa a implantação de uma cidade no meio da selva amazônica, foi idealizado por diretores e funcionários da Companhia de Desenvolvimento de Mato Grosso (CODEMAT) e diretores da SUDECO – Superintendência de Desenvolvimento do Centro Oeste, e foi formalizado a 23 de janeiro de 1976.

 A influência do então senador Filinto Müller levou à aprovação de lei no Congresso Nacional dando poderes ao Estado de Mato Grosso para a licitação da imensa área destinada ao futuro município. Dois milhões de hectares foram vendidos, principalmente para ruralistas do sul do país. A prefeitura de Aripuanã cedeu ao município de Juína 117 mil ha às margens do rio Juruena e mais 65 mil ha às margens do rio Aripuanã.

A área do projeto, aproximadamente 411 mil ha na região do Alto Aripuanã e Juína-Mirim, do km 180 a 280 da rodovia AR-1, ocupou as terras de maior fertilidade. Elaborado em 1977, foi aprovado pelo INCRA através da portaria nº 904, de 19 de setembro de 1978. O projeto original previa a divisão da cidade em módulos.

Cada módulo tinha 35 ha, incluindo ruas e projeto urbanístico. Os lotes mediam 12x40 m e depois passaram a 15x40 m. O projeto que resultou no surgimento de Juína, foi considerado o maior êxito de colonização na CODEMAT. A partir de 1978 inúmeras famílias, especialmente do centro-sul do país, migraram para esta região. O crescimento acelerado levou à criação do distrito de Juína, em 10 de junho de 1979, jurisdicionado ao município de Aripuanã. Juína passou a município em 9 de maio de 1982, com área de quase 30 mil quilômetros quadrados, desmembrado do município de Aripuanã.

O nome "Juína" vem do rio que corta a cidade, que por sua vez foi assim batizado pelos índios que habitavam a região antes da chegada dos colonizadores. 8 A partir da criação do município, a cidade passou por um rápido processo de urbanização e desenvolvimento, impulsionado pela exploração de madeira e pela criação de gado. Segundo a Prefeitura Municipal de Juína e SEDEC, nos anos 90, a descoberta de diamantes na região de Juína mudou completamente a economia da cidade.

A partir daí, a exploração mineral se tornou a principal atividade econômica, atraindo investimentos e novos moradores para a região. Além dos diamantes, também são encontrados em Juína outros minerais como ouro, zinco e chumbo. Hodiernamente, a economia de Juína é baseada principalmente na exploração mineral, com destaque para a extração de diamantes. Além disso, a cidade também possui uma forte atividade agropecuária, com a produção de grãos, carne e leite. A atividade agropecuária em Juína é marcada pela produção de soja, milho, algodão e pecuária de corte e leite.

A cidade possui uma grande área de pastagens e muitas fazendas voltadas para a produção de bovinos e bubalinos. Outra atividade imprescindível para a economia de Juína é o comércio. A cidade possui um centro comercial diversificado, com lojas, supermercados, restaurantes e serviços que atendem à demanda local e regional, em outras palavras, o município é um polo da região noroeste do estado de Mato Grosso.